El nombre se arabizó posteriormente en la palabra Arjiduna. Es precisamente la época de dominación musulmana la de mayor esplendor de la ciudad. Se convirtió en la capital de la cora de Rayya, mas o menos lo que hoy es la provincia de Málaga. Hechos históricos de gran trascendencia tienen como escenario su fortaleza: en el 711, Abd-el-Rahman I es proclamado emir independiente en la musalla archidonesa (oratorio al aire libre en las afueras de la ciudad); a finales del s.IX y principios del s.X, Archidona estuvo en el centro de las revueltas protagonizadas por mozárabes, muladíes y beréberes, encabezados por Omar ben Hafsun, hasta ser conquistada definitivamente en el 907 por el emir Abd Allah, una vez aplastada la sublevación. Durante el periodo de los Reinos de Taifas la capitalidad de la cora de Rayya pasa de Archidona a Málaga, iniciándose un periodo de decadencia lento y paulatino. Ésta culminará con la conquista del castillo el 28 de julio de 1462, tras dos meses de asedio, de las tropas cristianas al mando de Don Pedro Téllez Girón. Tras ésta, Ibrahin viéndose perdido se arroja al vacío desde el tajo.

Pacificada la zona y tras la definitiva conquista del ultimo reducto musulmán en la península, el Reino Nazarita de Granada, la población archidonesa va a dar el salto sobre las murallas que cierran la Villa Alta, y se ira extendiendo la Villa Baja por la falda del cerro.

Archidona fue cedida en calidad de señorío por Enrique IV a los sucesores del conquistador los condes de Ureña y duques de Osuna, que mantuvieron su patronazgo sobre la villa hasta el s.XIX.

Es bien conocida la leyenda de la Peña de los Enamorados que relata la huida de los jóvenes Tagzona y su amado Muhamad ante la intransigencia de Alhama. Tras una larga persecución lis dos amantes se arrojan al vacío desde la cima de la peña que desde entonces lleva su nombre.